如何建立阿米巴組織是阿米巴經營的開始，也是阿米巴經營的完成。
現在大多數企業都還在使用傳統的職能式管理模式，這種金字塔式的組織架構一旦確定，將會在長期保持不變，組織架構穩定且僵化。時代在不斷發展，該模式的缺陷也日漸暴露：
高層領導們由于陷入了日常生產經營活動，行政機構越來越龐大，各個部門橫向聯系薄弱，各部門協調越來越難，各個職能的成員注重部門目標而不是企業的整體目標，使工作效率受到影響。
與傳統的金字塔式的組織架構不同，阿米巴的組織架構卻是自下往上的蜂巢圖，由許多個“阿米巴”構成企業的組織基礎，每個阿米巴都是一個獨立的小組織。各個阿米巴組織進行獨立核算、自主經營。
阿米巴組織架構打破原有的部門界限，繞過原來的中間管理層次，直接面對顧客和向公司總體目標負責，以群體和協作的優勢贏得市場主導地位。從而達到使阿米巴組織變得靈活，敏捷，富有柔性、創造性的目的。
看清企業實際狀況；內部傳遞市場壓力，實現內部競爭；達成全員參與的經營；培養經營管理人才。關于阿米巴組織劃分的作用，可以在稻盛和夫先生的這篇文章中了解。
創業后的京都陶瓷開發出了以往市場上沒有的各種精密陶瓷產品，并不斷地實現產品化。因此公司的規模也得到了快速的擴大，最初僅有28名員工，在不到5年的時間里，超過了100名，之后又增加到了200名、300名。即便如此，當時從產品的開發到生產、銷售，都是我一個人在奔忙。我自己的身體也快支撐不住了，工作也無法順利開展。人們常說“中小企業與腫瘤一樣，大了之后就會破”。如果中小企業規模不斷擴大，經營仍然是一筆糊涂賬的話，將會無法管理而最終破產。當時我們的公司就已經接近這種狀態了。當時的我如果掌握了經營學或組織論的知識，就會知道如何控制越來越龐大的組織，面臨的問題也就會迎刃而解。但是我一開始就沒有這方面的知識，而且每天夜以繼日地工作，也沒有時間去學習這些知識。當時的我甚至不知道還有經營咨詢這個行當，如果知道的話，說不定會硬著頭皮去湊錢，接受咨詢。無依無靠的我為如何才能運營一個持續成長的公司而陷入了無盡的煩惱之中。在這種狀態下，有一天我腦中突然閃現出一個想法，“既然100名員工的時候我一個人都能夠管理，那為何不把公司分成若干個小集體呢？現在或許還沒有干部能夠管理100名員工，但是有些干部已經有能力管理20到30名員工的小集體，那何不讓這些人擔任小集體的領導，放權讓他們管理呢？”甚至還想到“既然要把公司分成若干個小集體，那何不讓這些組織獨立核算呢？把公司分成能開展業務活動的最小的組織單位，然后安排各自的領導，讓其像街道工廠一樣采取獨立核算管理”。為了采用獨立核算制對各個組織進行管理，損益結算是不可或缺的，但采用專業的結算表，外行人很難看懂。因此，為了讓沒有會計知識的人也能夠看懂，我就對損益表進行反復研究，制作了通俗易懂的“單位時間核算表”，稍后我會對該表作詳細說明。用核算表的形式表現經營的原則，也就是實現“銷售額最大化和經費最小化”，使兩者差額的附加價值最大化。“單位時間核算表”中設立了相當于銷售額的項目以及所需的經費支出項目（不包括勞務費），通過統計其差額，可以對核算一目了然。使用這一“單位時間核算表”，可以讓小集體的領導更容易管理現場的核算，“為了提高本部門的核算情況，必須削減此類經費支出”，可以向成員發出類似的指令。此外，現場的成員也可以通過這一核算表方便地了解情況，使全體員工共同參與經營。也就是說，在培養領導的同時，在公司內部增加關心經營、有經營者意識的員工數量。當時是勞資對立非常嚴重、勞動糾紛接連不斷的時代，當時的社會風氣就是用資本家與工人的對立結構來考慮事物，所以經營者通常不會讓員工有機可乘，不會將經營的實際狀況告知員工。即使在這樣一個時代，京瓷還是采用了經營內容像玻璃般透明的單位時間核算制度，盡可能地向員工公開公司的情況。當我意識到通過公開公司情況，可以提高員工的參與意識，激發員工的積極性時，我決定把阿米巴經營作為京瓷經營管理的基礎。自那以后，阿米巴經營從經營管理的角度成為了推動京瓷快速成長的動力。另外在小組織中，能夠看清楚每個人的貢獻率，讓在大組織中非常令人頭痛的南郭先生無法再渾水摸魚。比如說，如果100個人的組織有1名員工削減了自己20%的費用，從組織整體的角度而言，看不出有什么影響。假使他偷點懶，也不突出，容易被忽視。但如果是5個人的組織，1個員工削減了自己20%的費用，就會給組織帶來較大的影響。浪費和節約一目了然。心理學家認為，人的幸福感實際上在小組之中是最強的，比如說，一個人在自己獨處的時候，平均每天笑的次數可能有5~6次，而在小組之中可以達到平均16~17次的水平，幾乎是個體存在形式三倍的水平。另外，人與人之間的溝通和交流，甚至相互之間默契的程度在小組之中也是最充分、最強烈的。一個人一般與自己周圍的5~9個人的交流頻率最多、最充分，自己存在的價值也最容易得到身邊人的鼓勵與認可。然而，如果身處一個更大的群體之中，實際上往往頭腦中印象大多是充滿陌生、未知甚至是恐懼的。比如說，一個人在小組內部發言無需打草稿，可以暢所欲言；然后在一個大場面環境，即使拿著準備充分的稿件講話往往會緊張，心理往往呈現防御性狀態。在小組織中，每個成員所感覺到的往往是一個日常、熟悉的環境。環境熟悉而又不怯場，既能夠激發出每個人的潛能，又容易感受到贊揚、理解與認可，形成正面激發。通過細分組織，能夠一目了然的看清經營結果。過程中聚焦目標，實現數據化經營，用單位時間附加值作為統一評價標準，激發組織的活力，讓員工自發自動帶著喜悅感開展每天的工作，最終創造高收益，實現全員物質與精神的幸福。
