靈活改編組織
在一般企業中，組織的調整以半年或一年一次的頻度進行。但是，市場隨時在變化，例如過去就發生過泡沫經濟的破滅、日元的急劇升值，以及雷曼金融危機等情況，經常會有大規模的經濟變動。為了靈活應對這樣的變化，就要在必要時進行組織改編。
在阿米巴經營中，已經建立的組織可以隨著市場的縮小或擴大進行靈活、迅速的改編，可以隨時根據不斷變化的市場進行組織的分割和統合。
同樣，在企業經營管理中也體現出這種靈活性。
在一般企業里，各個事業部或分支機構自己制作經營數據資料，在組織需要重組時，往往需要花很長時間來收集整理數據資料。而阿米巴經營的經營數據資料是統一的“單位時間核算表”，由各阿米巴分別統計。統計實績的標準是全公司統一的。
比如，從按事業部劃分向按分支機構劃分而重組組織時，阿米巴可以迅速統計實績并制作出新的分部門核算的單位時間核算表。
關鍵在于：不管是按事業部劃分還是按分支機構劃分的組織，管理部門都要將其作為一個獨立的單位來設置。公司不認可事業部或分支機構的規則，而是運用全公司統一的規則，所以可以靈活地應對組織改編。
看清領導人的實力
在細分組織時，必須選定各個部門的領導人。很多企業在這個時候面臨的煩惱是，沒有合適的人選來負責阿米巴的運營。
領導人的選擇是一個難題。不管是從人格還是能力來說，適合做組織領導者的人才往往不多。如果讓符合要求的一小部分人兼任多個組織的領導人，組織細分就沒有意義了。而如果隨意任命領導人并委以重任的話，反而會導致現場的混亂。
那么，應該怎么做呢？在這種情況下，要選擇那些能力和經驗雖然不足，但卻有干勁，愿意為組織盡力盡責的人，讓他們先成為各個小阿米巴的領導人。
然后，隨著這些領導人經驗的積累，隨著他們不斷成長，就能讓他們領導更大的組織。
相反，如果不能勝任領導人的崗位，可以縮小他的組織，或是與其他組織合并，采取靈活的應對方法。在組織編制時，需要看清楚領導人的實力，并據此對組織進行相應的改編。
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構筑計算部門收入的機制。
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制定票據處理規則等各種規則，并加以執行。
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制作單位時間核算表，及時提供給經營高層、各部門負責人及全體員工。
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合理管理應收貨款，產品庫存和固定資產等公司財產。例如，隨時掌握產品庫存，如果將來難以銷售出去的話，就要敦促相關部門迅速進行報廢處理。
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管理對象不僅是資產負債表上記入的各種資產，還包括通過阿米巴經營對“接單余額”等各種余額進行獨立管理。
這樣，就能正確把握經營過程中各階段的錢款和物品的數量。經營管理部門必須遵循公平公正的規則，正確、迅速地整理經營信息，并及時提供給經營高層和相關事業部門。
經常有人將經營管理部門與財務部門作對比，兩者的作用是不同的。經營管理部門制作的是單位時間核算表，而財務部門制作的是財務報表。兩個部門密切溝通，開展工作。
在一般企業的會計業務中，相對于“管理會計”，更重視“財務報表”的制作。在這種情況下，負責財務會計的財務部門承擔會計實操的主要責任，收集、統計銷售數據、制造成本、銷售費用及一般管理費用等數據。而管理會計所需要的數據，一般由財務部門統計的數據轉化而來。
與此不同，在阿米巴經營中，經營管理部門為了明確每天的經營實績，要以天為單位處理各種票據并統計實績。財務部門以這些數據為基礎制作財務報表。財務部門和經營管理部門共享統一的數據，能加強財務會計和管理會計之間的合作。
①負責給供應商下單，交涉價格和交貨日期
（供應商的選定、價格及交貨日期的交涉及確定、訂單制作，等等）
②尋找新供應商，尋找更好的新材料及部件等
一般企業中，采購部門往往被放在制造部門內。在阿米巴經營中，采購部門不屬于制造部門，而是被定位在管理部門。這是為了進行組織的雙重確認，以避免采購出現差錯，以及與供應商的內外串通。
此外，通過集中采購，可以積累采購經驗，提高價格交涉能力。
為了進行雙重確認，在阿米巴經營中，以下4個部門參與采購流程：
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提出采購申請的部門（申請部門）；
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采購部門；
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經營管理部門；
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財務部門。
首先，供應商的選定和價格交涉、下單業務，不由實際需要物資的申請部門負責，而是交由采購部門執行。到貨后，物資不是直接送達采購部門或申請部門，而是由經營管理部門接收。另外，貨款不是由開票據的部門支付，而是由財務部門支付。
這4個部門各自發揮作用，開展采購活動。在下單、交貨和支付各個環節上，彼此相互牽制，這樣就能防患于未然，在采購活動中防止差錯及舞弊。
